smags magnijs deficīts ir ārkārtīgi reti. Pirmā deficīta pazīme ir serums magnijs līmenis zem normas - hipomagnēzija (magnija deficīts). Laika gaitā serums kalcijs līmenis sāk kristies, kaut arī PTH (paratheidālais hormons) palielinās, lai kompensētu zaudējumus, pat ja ar pārtiku tiek uzņemts pietiekams daudzums kalcija. Parasti PTH izraisa kalcijs mobilizēt no kauli paaugstināt kalcija līmeni serumā, lai neitralizētu hipokalciēmiju. Kā magnijs deficīta progresēšanai, samazinās arī PTH, kā arī seruma līmenis kālijs ar kuru nātrijs tiek saglabāts ķermenī. Smagas pazīmes magnija deficīts hipomagnēzija (magnija deficīts), hipokalciēmija (kalcijs deficīts), hipokaliēmija (kālijs deficīts) un zemas PTH koncentrācijas serumā. Turklāt, iespējams, hipokalciēmijas, muskuļu dēļ krampji un trīce, apetītes zudums, nelabums, vemšana, un notiek personības izmaiņas.
