Hondroitīna sulfāts (CS) tiek klasificēts kā glikozaminoglikānu (GAG), kas pazīstams arī kā mukopolisaharīdi, pārstāvji, kas ir ogļhidrātu sānu ķēdes, kas ir būtiskas proteoglikānu sastāvdaļas. Visi glikozaminoglikāni sastāv no 1,4-glikozidiski saistītām disaharīdu vienībām. Hondroitīnu gadījumā sērskābe tiek regulāri pievienots skābeklis or slāpeklis atomiem, tāpēc tie parasti reaģē stipri skābi. Hondroitīna sulfātus A un C veido glikuronskābe un N-acetil-D-galaktozamīns. Hondroitīna sulfāts B ir līdzīga struktūra. Tas ir pazīstams kā dermatāna sulfāts vai beta-heparīns no L-iduronskābes un NAG-4-sulfāta.
No vienas puses, hondroitīna sulfāts ar pārtiku nonāk ķermenī. Tas ir atrodams gaļas un jūras dzīvniekiem, īpaši gliemenēs un austerēs. No otras puses, glikozaminoglikāns var veidoties pašā ķermenī. Nepieciešama endogēna sintēze glikozamīns sulfāts, vēlamais substrāts glikozaminoglikāna biosintēzei. Hondroitīna sulfāti kā dzīvnieku proteoglikāni lielākoties tiek iekļauti skrimslis audos un tādējādi pārstāv galvenos starpšūnu komponentus saistaudi, skrimslis un kaulu. Tomēr tos var atrast arī āda un ķermeņa gļotas.
Tehniski hondroitīna sulfātus agrāk ieguva no haizivīm skrimslisun vēlāk arī attiecīgi no liellopu un cūku traheīdiem.
