Izoflavonoīdiem ir molekulārā struktūra, kas līdzīga steroīdajiem estrogēniem (sieviešu dzimumhormoniem), tāpēc tos sauc arī fitoestrogēni. Tomēr viņu hormonālā aktivitāte ir zemāka par koeficientu no 100 līdz 1,000, salīdzinot ar estrogēnu, kas veidojas zīdītāju organismā. Sakarā ar to ķīmisko un strukturālo līdzību ar sieviešu dzimumu hormoni, izoflavoniem norīts ar pārtiku, var saistīties ar tā dēvēto 2. tipa estrogēna receptoru un bloķēt to endogēnā estrogēna veidošanai. Attiecīgi izoflavoniem sievietēm pēcmenopauzes periodā ar zemu endogēnā estrogēna līmeni ir vairāk estrogēna iedarbība, turpretim izoflavoniem sievietēm pirms menopauzes ir antiestrogēna iedarbība, bloķējot estrogēnu receptorus.
