Mutācijas ir normālas
Jaunu vīrusu variantu parādīšanās nav nekas neparasts: vīrusi, tostarp Sars-CoV-2 patogēns, replikācijas laikā atkārtoti nejauši maina savu ģenētisko materiālu. Lielākā daļa no šīm mutācijām ir bezjēdzīgas. Tomēr daži no tiem ir labvēlīgi vīrusam un nostiprinās.
Tādā veidā vīrusi spēj ātri pielāgoties videi un savam saimniekam. Tā ir daļa no viņu evolūcijas stratēģijas.
PVO klasificē jaunos variantus pēc šādām kategorijām:
- Varianti, kas tiek uzraudzīti (VBM) — varianti ar ģenētiskām izmaiņām, kas varētu nozīmēt lielāku risku, bet ar ietekmi, kas joprojām ir neskaidra.
- Interesējošais variants (VOI): varianti, kuriem ir ģenētiskas pazīmes, kas paredz augstāku pārnešanas iespējamību, apejot imunitātes vai diagnostikas testus vai smagāku slimību salīdzinājumā ar iepriekšējām formām.
- Variants ar lielu seku (VOHC) — variants ar lielām sekām: variants, pret kuru pašreizējās vakcīnas neaizsargā. Līdz šim šajā kategorijā nav bijis neviena SARS-CoV-2 varianta.
Vīrusu variācijas tiek grupētas tā sauktajās kladēs vai līnijās – tādējādi pētnieki sistemātiski reģistrē un dokumentē “koronavīrusa dzimtas koku”. Katrs variants tiek raksturots pēc tā iedzimtajām īpašībām un piešķirts burtu-ciparu kombinācija. Tomēr šis apzīmējums nenorāda, vai konkrētais vīrusa celms ir bīstamāks par citu.
Kā mainās koronavīruss?
Ir divi veidi, kā koronavīruss var “veiksmīgi” attīstīties: tas mainās tā, lai tas labāk varētu iekļūt cilvēka šūnā, tādējādi kļūstot infekciozāks, vai arī tas mēģina “izbēgt” no mūsu imūnsistēmas, pielāgojoties:
Escape mutācija: tās ir izmaiņas, kas ļauj koronavīrusam “izbēgt” no imūnsistēmas. Pēc tam vīruss maina savu ārējo formu tā, ka sākotnējās infekcijas vai vakcinācijas antivielas (jau izveidojušās) vairs nespēj to “atpazīt” un neitralizēt. To sauc arī par "bēgšanas mutācijām" vai "imūno bēgšanu". Tādējādi otrās infekcijas varētu kļūt biežākas.
Kā attīstās vīrusa varianti?
Jo ilgāk turpinās pandēmija, jo vairāk infekciju, jo vairāk koronavīrusa variāciju un mutāciju.
Koronas pandēmija turpinās jau labus divus gadus: 05. gada 2022. janvārī Džona Hopkinsa koronavīrusu resursu centrs (CRC) tagad ziņo par aptuveni 296 miljoniem infekcijas gadījumu visā pasaulē.
Pietiekama iespēja koronavīrusam uzkrāt vairākas izmaiņas (variācijas) ģenētiskajā materiālā.
Šis milzīgais gadījumu skaits un ar to saistītās ģenētiskās izmaiņas Sars-CoV-2 ir atspoguļotas daudzu jaunu vīrusa variantu plašā izplatībā:
Delta: B.1.617.2 izcelsme
Sars-CoV-1.617.2 delta variants (B.2) pēdējos mēnešos (2021. gada rudenī) strauji izplatījās arī Vācijā. Pirmo reizi tas tika atklāts Indijā un ir sadalīts trīs apakšvariantos, kas apvieno vairākas raksturīgas izmaiņas.
No vienas puses, tās ir izmaiņas smaile proteīnā, kas tiek uzskatīts par cilvēka šūnas “atslēgu”. No otras puses, B.1.617 ir arī izmaiņas, kas tiek apspriestas kā (iespējama) evakuācijas mutācija.
Konkrēti, B.1.617 cita starpā apvieno šādas attiecīgās mutācijas:
Mutācija D614G: tā var padarīt koronavīrusu lipīgāku. Sākotnējā modelēšana liecina, ka tas padara B.1.617 pārnēsājamu vismaz tikpat viegli kā ļoti lipīgo alfa variantu (B.1.1.7.).
Mutācija P681R: pētnieki ir arī saistīti ar, iespējams, paaugstinātu virulenci.
Mutācija E484K: ir konstatēta arī beta variantā (B.1.351) un gamma variantā (P.1). Ir aizdomas, ka tas padara vīrusu mazāk jutīgu pret jau izveidotajām neitralizējošām antivielām.
Mutācija L452R: tā tiek apspriesta arī kā iespējamā evakuācijas mutācija. Koronavīrusa celmi ar L452R mutāciju laboratorijas eksperimentos bija daļēji rezistenti pret noteiktām antivielām.
Delta variantu, kas līdz šim dominēja Eiropā, arī šķiet, ka lielos soļos izstumj ļoti lipīgais omikrona variants.
Omikron: B.1.1.529 cilts
Omikron variants ir jaunākā koronavīrusa mutācija, kas pirmo reizi tika atklāta Botsvānā 2021. gada novembrī. Tagad Pasaules Veselības organizācija (PVO) to oficiāli klasificējusi kā jaunu problēmu variantu.
Erisa: EG.5 izcelsme
Koronavīrusa EG.5 variants ir no Omikron dzimtas. Pirmo reizi tas tika atklāts 2023. gada februārī. Kopš tā laika tas ir izplatījies dažādās pasaules valstīs un daudzviet dominē infekcijas arēnā. To sauc arī par Erisu grieķu nesaskaņu un nesaskaņu dievietes vārdā.
EG.5 cēlies no omikronu variantiem XBB.1.9.2. un XBB.1.5, bet arī ir jauna mutācija smaile proteīnā (F456L). EG.5.1 apakšlīnija nes arī vēl vienu Q52H mutāciju.
Vai EG.5 ir bīstamāks par iepriekšējiem variantiem?
Līdz ar EG.5 parādīšanos atkal pieaug koronainfekcijas gadījumu skaits un līdz ar to arī hospitalizāciju skaits. Saskaņā ar PVO datiem līdz šim nav ziņots par slimības smaguma izmaiņām. Tāpēc PVO ir klasificējusi EG.5 kā interesējošo variantu (VOI), bet ne kā variantu, kas rada bažas (GOS).
Rudenim atbilstošās revakcinācijas vakcīnas nav precīzi mērķētas uz EG.5, bet gan uz cieši saistītu vīrusu izcelsmi (XBB.1.5). Agrīnie klīniskie pētījumi liecina, ka revakcinācija ir efektīva arī pret EG.5.
Pirola: BA.2.86 izcelsme
BA.2.86 vīrusa variants arī ir omikrona atvasinājums. Tas atšķiras no tā iespējamā priekšgājēja varianta BA.2 ar 34 jaunām mutācijām smailes proteīnā, padarot to līdzīgi atšķirīgu no iepriekšējām formām, kā Omicron nesen.
Cik izplatīta ir BA.2.86?
Pagaidām variants konstatēts tikai dažiem cilvēkiem. Tomēr šobrīd kopumā tiek veikta neliela pārbaude. Īpaši reti ir izstrādāti testi, kas nosaka konkrēto vīrusa variantu. Fakts, ka zināmie gadījumi nāk no trim kontinentiem (Ziemeļamerika, Āzija un Eiropa) un nav tieši saistīti, liecina, ka Pirola jau izplatījusies nemanot.
Vai BA.2.86 ir bīstamāks par iepriekšējiem variantiem?
Vai pielāgotās vakcīnas ir efektīvas pret BA.2.86?
No septembra pieejamās vakcīnas ir optimizētas XBB.1.5 variantam. Tās smaile proteīns atšķiras no Pirolas 36 sekcijās. Tāpēc aizsardzība pret infekciju, visticamāk, samazināsies. Tomēr eksperti uzskata, ka aizsardzība pret smagiem kursiem joprojām saglabājas.
Citi zināmi vīrusu varianti
Ir izstrādāti arī papildu Sars-CoV-2 vīrusa varianti, kas atšķiras no savvaļas tipa, taču eksperti pašlaik tos neklasificē kā GOS. Šie vīrusu celmi tiek saukti par “interesējošiem variantiem” (VOI).
Vēl nav skaidrs, kāda varētu būt šo jauno VOI ietekme uz pandēmiju. Ja tie apgalvo un gūst virsroku pret jau cirkulējošiem vīrusu celmiem, arī tos varētu jaunināt uz atbilstošiem GOS.
Īpaši interesējoši varianti
- BA.4: Omicron apakštips, pirmo reizi atklāts Dienvidāfrikā.
- BA.5: Omicron apakštips, pirmo reizi atklāts Dienvidāfrikā.
Varianti tiek uzraudzīti
Tā sauktie “Uzraudzības varianti” (VUM) ir plašākā uzmanības lokā, taču par tiem joprojām trūkst ticamu, sistemātisku datu. Vairumā gadījumu ir pieejami tikai pierādījumi par to pastāvēšanu. Tajos ietilpst sporādiski sastopami varianti, kā arī jau zināmu mutāciju “modificēti” pēcteči.
Saskaņā ar ECDC datiem šie reti sastopamie VUM pašlaik ietver:
- XD – variants pirmo reizi atklāts Francijā.
- BA.3 – Omikron varianta apakštips, pirmo reizi konstatēts Dienvidāfrikā.
- BA.2 + L245X – nezināmas izcelsmes omikrona varianta apakštips.
Pazemināti vīrusu varianti
Tikpat dinamiski, cik dinamiski attīstās infekcijas notikumi pašreizējās Koronas pandēmijas laikā, arī zinātniskā izpratne un novērtējums par vīrusa variantiem, kas izplatīti dažādās pandēmijas fāzēs.
Alfa: B.1.1.7 izcelsme
Saskaņā ar amatpersonu teikto, koronavīrusa variants Alfa (B.1.1.7) Eiropā gandrīz vairs necirkulē. Alfa pirmo reizi tika atklāta Apvienotajā Karalistē, un, sākot ar Anglijas dienvidaustrumiem, tā kopš 2020. gada rudens arvien vairāk izplatās visā Eiropas kontinentā.
B 1.1.7 līnijai bija pārsteidzoši liels gēnu izmaiņu skaits ar 17 mutācijām. Vairākas no šīm mutācijām ietekmēja smailes proteīnu - ļoti būtiski, ieskaitot N501Y mutāciju.
Tiek uzskatīts, ka B.1.1.7 ir bijis par aptuveni 35 procentiem lipīgāks nekā savvaļas tipa Sars-CoV-2, un novērotais mirstības līmenis no infekcijas (bez iepriekšējas vakcinācijas) arī bija paaugstināts. Tomēr pieejamās vakcīnas nodrošināja spēcīgu aizsardzību.
Alfa strauji samazinās, vienojoties ar oficiālajām aģentūrām (ECDC, CDC, kā arī PVO).
Beta: B.1.351 cilts
Mutants, visticamāk, attīstījās Dienvidāfrikas iedzīvotāju lielas inficēšanās ar vīrusu rezultātā. Dienvidāfrikā jau reģistrēti plaša mēroga korona uzliesmojumi 2020. gada vasaras mēnešos. Jo īpaši apdzīvotās vietās vīruss, iespējams, atrada ideālus apstākļus, lai izplatītos lēcienveidīgi.
Tas nozīmē, ka ļoti daudzi cilvēki jau bija imūni pret sākotnējo Sars-CoV-2 formu – vīrusam bija jāmainās. Pētnieki šādu situāciju dēvē par evolūcijas spiedienu. Rezultātā dominēja jauns vīrusa variants, kas bija pārāks par sākotnējo formu, jo, cita starpā, tas ir lipīgāks.
Sākotnējie dati liecina, ka Comirnaty vakcīnai ir arī augsta efektivitāte pret B.1351 līniju. No otras puses, VaxZevria var būt samazināta efektivitāte, saskaņā ar autoru Madhi et al provizorisko paziņojumu.
Beta ir strauji samazinājies saskaņā ar oficiālajām aģentūrām (ECDC, CDC, kā arī PVO).
Gamma: P.1 līnija
Cits GOS ar nosaukumu P.1 — iepriekš zināms kā B.1.1.28.1, tagad saukts par Gamma — pirmo reizi tika atklāts Brazīlijā 2020. gada decembrī. P.1 genomā ir arī svarīga N501Y mutācija. Tādējādi P.1 vīrusa celms tiek uzskatīts par ļoti lipīgu.
Gamma sākotnēji attīstījās un izplatījās Amazones reģionā. Varianta izplatība sakrīt ar ar Covid-19 saistīto hospitalizāciju skaita pieaugumu šajā reģionā 2020. gada decembra vidū.
Gamma strauji samazinās, vienojoties ar ECDC, CDC un PVO ekspertiem.
Turpmākie deeskalētie varianti
Lai gan tagad ir kļuvis zināms liels skaits jaunu vīrusu variantu, tas automātiski nenozīmēja lielākus draudus. Šādu variantu ietekme uz (globālo) infekciju sastopamību bija neliela vai arī tika nomākta. Tie ietver:
- Epsilons: B.1.427, kā arī B.1.429 – pirmo reizi atklāts Kalifornijā.
- Eta: konstatēts daudzās valstīs (B.1.525).
- Theta: iepriekš apzīmēta ar P.3, tagad pazemināta, pirmo reizi atklāta Filipīnās.
- Kappa: pirmo reizi konstatēts Indijā (B.1.617.1).
- Lambda: pirmo reizi atklāta Peru 2020. gada decembrī (C.37).
- Mu: pirmo reizi atklāts Kolumbijā 2021. gada janvārī (B.1.621).
- Iota: pirmo reizi atklāts ASV Ņujorkas metropoles zonā (B.1.526).
- Zeta: iepriekš apzīmēta ar P.2, tagad pazemināta, pirmo reizi atklāta Brazīlijā.
Cik ātri Sars-CoV-2 mutē?
Nākotnē Sars-CoV-2 turpinās pielāgoties cilvēka imūnsistēmai un (daļēji) vakcinētai populācijai, izmantojot mutācijas. Tas, cik ātri tas notiek, lielā mērā ir atkarīgs no aktīvi inficētās populācijas lieluma.
Jo vairāk ir inficēšanās gadījumu – reģionālā, valsts un starptautiskā mērogā –, jo vairāk koronavīruss vairojas un jo biežāk notiek mutācijas.
Tomēr, salīdzinot ar citiem vīrusiem, koronavīruss mutē salīdzinoši lēni. Tā kā Sars-CoV-2 genoma kopējais garums ir aptuveni 30,000 XNUMX bāzes pāru, eksperti pieņem vienu līdz divas mutācijas mēnesī. Salīdzinājumam, gripas vīrusi (gripa) mutē divas līdz četras reizes biežāk tajā pašā periodā.
Kā es varu pasargāt sevi no koronavīrusa mutācijām?
Jūs nevarat īpaši pasargāt sevi no atsevišķām koronavīrusa mutācijām – vienīgā iespēja ir neinficēt.
Kā tiek atklātas koronavīrusa mutācijas?
Vācijā ir cieša ziņošanas sistēma, lai uzraudzītu cirkulējošo Sars-CoV-2 vīrusu — to sauc par "integrēto molekulārās uzraudzības sistēmu". Šajā nolūkā attiecīgās veselības iestādes, Roberta Koha institūts (RKI) un specializētās diagnostikas laboratorijas cieši sadarbojas.
Kā ziņošanas sistēma darbojas, ja ir aizdomas par mutācijām?
Pirmkārt, par katru profesionāli veiktu pozitīvu koronavīrusa testu ir obligāti jāziņo attiecīgajai sabiedrības veselības nodaļai. Tas ietver koronavīrusa testus, kas veikti testēšanas centrā, jūsu ārsta kabinetā, aptiekā vai pat valsts iestādēs, piemēram, skolās. Tomēr privātās pašpārbaudes no tā ir izslēgtas.
Lai iegūtu papildinformāciju par ātrajiem koronavīrusa testiem pašpārbaudei, skatiet mūsu īpašo koronavīrusa paštestēšanas tēmu.
Pēc tam RKI salīdzina ziņotos datus un secības analīzes rezultātu pseidonimizētā formā. Pseidonimizēts nozīmē, ka nav iespējams izdarīt secinājumus par atsevišķu personu. Tomēr šī informācija veido datu bāzi zinātniekiem un veselības aprūpes sistēmas dalībniekiem, lai iegūtu precīzu pārskatu par esošo pandēmijas situāciju. Tas ļauj pēc iespējas labāk novērtēt situāciju, lai (ja nepieciešams) izstrādātu politikas pasākumus.
Kas ir sekvencēšanas genoma analīze?
Sekvences genoma analīze ir detalizēta ģenētiskā analīze. Tas pārbauda precīzu atsevišķu RNS bloku secību vīrusa genomā. Tas nozīmē, ka Sars-CoV-2 genoms, kurā ir aptuveni 30,000 XNUMX bāzes pāru, tiek atšifrēts un pēc tam to var salīdzināt ar savvaļas tipa koronavīrusa genomu.
Tikai šādā veidā atsevišķās mutācijas var identificēt molekulārā līmenī – un ir iespējama piešķiršana “koronavīrusa ciltskokā”.
Tas arī skaidri parāda, ka ne katra pasaules valsts spēj detalizēti izsekot konkrētu koronavīrusa variantu precīzai izplatībai. Tāpēc ir iespējama zināma nenoteiktība pieejamajos ziņošanas datos.
