Jo melatonīna galvenokārt metabolizē CYP1A fermenti, tā var mijiedarboties ar narkotikas kas arī tiek metabolizēti vai inhibē CYP1A.
CYP1A inhibitori ietver estrogēni veidā kontracepcijas līdzekļi un hormonu aizstājterapija (VIŅA) vai antidepresants fluvoksamīns. Vienlaicīga melatonīna ar CYP1A inhibitoriem izraisa melatonīna pārpalikumu. Nikotīns ļaunprātīga izmantošana savukārt samazina melatonīna līmeņi.
