Klasifikācija pēc enzīmu struktūras
Gandrīz visi fermenti ir proteīni un tos var klasificēt pēc olbaltumvielu ķēdes garuma: Turklāt ir atsevišķas olbaltumvielu ķēdes, kas satur vairākas enzīmu aktivitātes, tās sauc par daudzfunkcionāliem enzīmiem.
- Monomeriskie fermenti, kas sastāv tikai no vienas olbaltumvielu ķēdes
- Oligomēru fermenti, kas sastāv no vairākām olbaltumvielu ķēdēm (monomēri)
- Vairāku fermentu ķēdes fermenti kas sadarbojas un regulē viens otru. Šīs enzīmu ķēdes katalizē secīgus šūnu metabolisma posmus.
Klasifikācija pēc kofaktoriem
Papildu klasifikācija ir klasifikācija pēc kofaktoru apsvēršanas. Kofaktori, koenzīmi un līdzsubstrāti ir dažādu vielu klasifikāciju nosaukumi, kas ietekmē bioķīmiskās reakcijas, mijiedarbojoties ar fermenti. Tiek ņemtas vērā organiskās molekulas un arī joni (galvenokārt metāla joni).
Tīro olbaltumvielu fermenti sastāv tikai no: proteīni un aktīvo centru veido tikai aminoskābju atlikumi un peptīda pamats. Aminoskābes ir organisko savienojumu klase ar vismaz vienu karboksigrupu (-COOH) un vienu aminogrupu (-NH2). Holoenzīmi sastāv no olbaltumvielu daļas, apoenzīma un kofaktora, mazmolekulāras molekulas (bez olbaltumvielām).
Abas kopā ir svarīgas fermenta darbībai. Organiskās molekulas kā kofaktorus sauc par koenzīmiem. Ja tie ir kovalenti saistīti ar apoenzīmu, tos sauc par protezēšanas grupām vai līdzsubstrātu.
Protezēšanas grupa ir proteīnu nesaturošs komponents, kas ir cieši (parasti kovalenti) saistīts ar olbaltumvielām un kam ir katalītiska iedarbība. Kosubstrāti ir dažādu vielu klasifikāciju nosaukumi, kas mijiedarbībā ar fermentiem ietekmē bioķīmiskās reakcijas. Kā biokatalizatori, molekulas, kas paātrina reakcijas organismos, fermenti paātrina bioķīmiskās reakcijas. Tie samazina aktivācijas enerģiju, kas jāpārvar, lai viela pārvērstos.
